近年来标志性成果不断涌现。工程中心利用基因组学、蛋白组学、遗传育种等生物学技术，挖掘到西南地区特色动植物、微生物资源3100余种，鉴定出具有生物活性的物质5200余种，并对其开展了改良与利用研究；尤其是（1）改良了木香、赶黄草等西南特色道地中药材与特色黑米等经济作物品系资源20余种，种植规模超过80万亩次；（2）创新了药用毒蛇无冬眠饲养、蛇毒肽与兔肽的多重分离纯化技术，扩展了高血压治疗药物（ACE抑制剂）的食品来源；（3）利用远缘杂交技术选育了对西南地区气候与植被高度适应的中华蜜蜂良种品系，创新研发了蜂蜜采集的“二次摇蜜新工艺”；（4）通过航空诱变，获得抗紫外、抗高温、抗干旱的优良昆虫病原真菌400余株，锚定关键基因，优化了其毒素的提取分离工艺。技术与成果转移、转化与应用到国内14余省份1000余家企业与基地，累计创造经济效益57.6亿元，社会与生态效益巨大。